Manuaalne CIP ja automaatne CIP on kaks tavalist puhastusmeetodit seadmete puhastamiseks. Manuaalne CIP-puhastusprotsess nõuab käsitsi juhtimist, samas kui automaatne CIP kasutab puhastamiseks automatiseeritud süsteemi.
Manuaalne CIP nõuab töötajatelt puhastusprotsessi käsitsi juhtimist, sealhulgas ventiilide avamist ja sulgemist, puhastusvahendite pumpamist ja reovee väljajuhtimist. Käsitsi kasutamine eeldab, et operaatoril on teatud tehnilised teadmised ja kogemused ning ta peab rangelt järgima tööetappe ja ajakava. Käsitsi tehtavad CIP-puhastustoimingud on suured ja keerulised ning ebaõige kasutamine võib kergesti põhjustada mittetäieliku puhastamise või seadme kahjustamise.
Seevastu automaatne CIP-puhastus on kõrgema automatiseerituse ja intelligentsusega ning selle tööprotsessi juhib automaatselt arvutiprogramm. Automaatse CIP juhtimissüsteem saab automaatselt reguleerida pesuaega ja -temperatuuri ning lülitada automaatselt pesuvedeliku tüüpi, kontsentratsiooni ja voolukiirust. Lisaks on automaatsel CIP-il ka andmete kogumise ja analüüsimise funktsioonid, mis võimaldavad puhastusefekti reaalajas jälgida. Automaatne CIP on lihtne, mugav ja kiire töökorras, mis mitte ainult ei vähenda väärkasutamise ohtu, vaid parandab ka puhastamise tõhusust ja kvaliteeti ning vähendab puhastuskulusid.
Üldiselt on manuaalsel CIP-il ja automaatsel CIP-il oma eelised ja puudused, kuid tehnoloogia arenguga on automaatsest CIP-ist saanud puhastusseadmete põhikonfiguratsioon.
